微生物菌种保藏中心是隶属于中国科学院微生物研究所的我国最主要的微生物资源保藏和共享利用机构，也是国家知识产权局指定的保藏中心，以及我国首个通过ISO9001质量管理体系认证的保藏中心，于1995年7月，获得布达佩斯条约国际保藏单位的资格，主要承担用于专利程序的生物材料的保藏管理工作。目前保存各类微生物资源超过5000种，46,000余株，用于专利程序的生物材料7100余株，微生物元基因文库约75万个克隆。
微生物菌种保藏中心作为公益性的国家微生物资源保藏机构，致力于微生物资源的保护、共享和持续利用，围绕我国生命科学研究、生物技术创新和产业发展等重大需求，探索、发现、收集国内外的微生物资源，妥善长期保存管理；在保证生物安全和保护知识产权的前提下，为工农业生产、卫生健康、环境保护、科研教育提供微生物物种资源、基因资源、信息资源和专业技术服务。CGMCC的工作主要包括：广泛分离、收集、保藏、交换和供应各类微生物菌种；保存用于专利程序的各种可培养生物材料；微生物菌种保藏技术研究；微生物分离、培养技术研究；微生物鉴定和复核技术研究；保藏菌种的资料情报收集和提供及编辑微生物菌种目录。