学校办学历史可追溯至1916年的钱塘道第三联合县立师范讲习所，1958年开始高等教育，1994年开始招收本科生。1999年经国家教育部批准，原湖州师范专科学校、湖州师范学校和湖州教师进修学院合并成立湖州师范学院。2000年，原湖州卫生学校并入湖州师范学院。2005年、2017年分别通过教育部本科教学工作水平评估和审核评估。2012年开始独立招收硕士研究生。2021年1月，独立学院湖州师范学院成功转设为公办普通本科高校——湖州学院。学校是国务院学位委员会批准的硕士学位授予单位、全国学雷锋活动示范点、全国助残先进集体，是国家第一批卓越医生和卓越农林人才教育培养计划项目试点高校、浙江省应用型建设试点示范学校、浙江省课堂教学创新校。