上海司法鉴定协会位于上海市徐汇区漕宝路86号F座10楼(上海光大会展中心)，是由本市司法鉴定机构和司法鉴定人及其他从事司法鉴定相关工作的单位和人员自愿组成的全市性、专业性、非营利性社会团体法人，受上海市司法局和社团局的指导和监督。协会的最高权力机构是会员代表大会，执行机构是理事会。协会设秘书处，为协会的日常办事机构，负责协会的日常工作。
上海司法鉴定协会下设会员工作委员会和资产管理和财务工作委员会2个工作委员会；法医临床、法医病理、法医精神病、法医物证、法医毒物、文检、微量物证、痕迹、电子证据、知识产权、建筑工程质量、建筑工程造价、司法会计13个专业委员会。